VSCodeのエクスプローラーはインデントが小さく、デフォルトでは階層構造がものすごく見難いです。

ファイル > 基本設定 > 設定の検索窓で「Tree Indent」と検索します。
すると下記のような設定画面が表示されます。

ここのTree:Indentの数値を変更するとツリーの階層が見やすくなります。
個人的には12が良い感じでした。